Hola, por si te sirve yo tambien me aseguraria que el encendido esta bien calado, separacion de platinos correcta y que la culata este apretada como toca.
En mi moto tuve problemas parecidos a los tuyos, cambie el carburador y aunque iba mucho mejor no desaparecieron del todo; la moto iba bien hasta que pasaban 20 minutos y fallaba. Apretar la culata fue lo que soluciono todo, y despues ajuste de platinos y condensador de 0.99€ del leroy termino de afinar la marcha. No se si el condesador estaba mal pero por 1€ ni me lo pense.
Antes de hacer todo eso, la sensacion era de estar mal carburada. Como cambien varias cosas no se decir cual fue la solucion real pero mira a ver en tu caso